Techniques d'identification d'entités nommées et de classification non-supervisée pour des requêtes de recherche web à l'aide d'informations contenues dans les pages web visitées

Le web est maintenant devenu une importante source d’information et de divertissement pour un grand nombre de personnes et les techniques pour accéder au contenu désiré ne cessent d’évoluer. Par exemple, en plus de la liste de pages web habituelle, certains moteurs de recherche présentent maintenant directement, lorsque possible, l’information recherchée par l’usager. Dans ce contexte, l’étude des requêtes soumises à ce type de moteur de recherche devient un outil pouvant aider à perfectionner ce genre de système et ainsi améliorer l’expérience d’utilisation de ses usagers. Dans cette optique, le présent document présentera certaines techniques qui ont été développées pour faire l’étude des requêtes de recherche web soumises à un moteur de recherche. En particulier, le travail présenté ici s’intéresse à deux problèmes distincts. Le premier porte sur la classification non-supervisée d’un ensemble de requêtes de recherche web dans le but de parvenir à regrouper ensemble les requêtes traitant d’un même sujet. Le deuxième problème porte quant à lui sur la détection non-supervisée des entités nommées contenues dans un ensemble de requêtes qui ont été soumises à un moteur de recherche. Les deux techniques proposées utilisent l’information supplémentaire apportée par la connaissance des pages web qui ont été visitées par les utilisateurs ayant émis les requêtes étudiées

Model falsification diagnosis and sensor placement for leak detection in pressurized pipe networks

Pressurized pipe networks used for fresh-water distribution can take advantage of recent advances in sensing technologies and data-interpretation to evaluate their performance. In this paper, a leak-detection and a sensor placement methodology are proposed based on leak-scenario falsification. The approach includes modeling and measurement uncertainties during the leak detection process. The performance of the methodology proposed is tested on a full-scale water distribution network using simulated data. Findings indicate that when monitoring the flow velocity for 14 pipes over the entire network (295 pipes) leaks are circumscribed within a few potential locations. The case-study shows that a good detectability is expected for leaks of 50 L/min or more. A study of measurement configurations shows that smaller leak levels could also be detected if additional pipes are instrumented. (C) 2013 Elsevier Ltd. All rights reserved

Widespread anti-CRISPR proteins in virulent bacteriophages inhibit a range of Cas9 proteins

International audienceCRISPR-Cas systems are bacterial anti-viral systems, and bacterial viruses (bacteriophages, phages) can carry anti-CRISPR (Acr) proteins to evade that immunity. Acrs can also fine-tune the activity of CRISPR-based genome-editing tools. While Acrs are prevalent in phages capable of lying dormant in a CRISPR-carrying host, their orthologs have been observed only infrequently in virulent phages. Here we identify AcrIIA6, an Acr encoded in 33% of virulent Streptococcus thermophilus phage genomes. The X-ray structure of AcrIIA6 displays some features unique to this Acr family. We compare the activity of AcrIIA6 to those of other Acrs, including AcrIIA5 (also from S. thermophilus phages), and characterize their effectiveness against a range of CRISPR-Cas systems. Finally, we demonstrate that both Acr families from S. thermophilus phages inhibit Cas9-mediated genome editing of human cells

Innovation et développement dans les systèmes agricoles et alimentaires

L’innovation est souvent présentée comme l’un des principaux leviers pour promouvoir un développement plus durable et plus inclusif. Dans les domaines de l’agriculture et de l’alimentation, l’innovation est marquée par des spécificités liées à sa relation à la nature, mais aussi à la grande diversité d’acteurs concernés, depuis les agriculteurs jusqu’aux consommateurs, en passant par les services de recherche et de développement. L’innovation émerge des interactions entre ces acteurs, qui mobilisent des ressources et produisent des connaissances dans des dispositifs collaboratifs, afin de générer des changements. Elle recouvre des domaines aussi variés que les pratiques de production, l’organisation des marchés, ou les pratiques alimentaires. L’innovation est reliée aux grands enjeux de développement : innovation agro-écologique, innovation sociale, innovation territoriale, etc. Cet ouvrage porte un regard sur l’innovation dans les systèmes agricoles et alimentaires. Il met un accent particulier sur l’accompagnement de l’innovation, en interrogeant les méthodes et les organisations, et sur l’évaluation de l’innovation au regard de différents critères. Il s’appuie sur des réflexions portées par différentes disciplines scientifiques, sur des travaux de terrain conduits tant en France que dans de nombreux pays du Sud, et enfin sur les expériences acquises en accompagnant des acteurs qui innovent. Il combine des synthèses sur l’innovation et des études de cas emblématiques pour illustrer les propos. L’ouvrage est destiné aux enseignants, professionnels, étudiants et chercheurs

Therapeutic targeting of cathepsin C::from pathophysiology to treatment

Cathepsin C (CatC) is a highly conserved tetrameric lysosomal cysteine dipeptidyl aminopeptidase. The best characterized physiological function of CatC is the activation of pro-inflammatory granule-associated serine proteases. These proteases are synthesized as inactive zymogens containing an N-terminal pro-dipeptide, which maintains the zymogen in its inactive conformation and prevents premature activation, which is potentially toxic to the cell. The activation of serine protease zymogens occurs through cleavage of the N-terminal dipeptide by CatC during cell maturation in the bone marrow. In vivo data suggest that pharmacological inhibition of pro-inflammatory serine proteases would suppress or attenuate deleterious effects of inflammatory/auto-immune disorders mediated by these proteases. The pathological deficiency in CatC is associated with Papillon-Lefèvre syndrome. The patients however do not present marked immunodeficiency despite the absence of active serine proteases in immune defense cells. Hence, the transitory pharmacological blockade of CatC activity in the precursor cells of the bone marrow may represent an attractive therapeutic strategy to regulate activity of serine proteases in inflammatory and immunologic conditions. A variety of CatC inhibitors have been developed both by pharmaceutical companies and academic investigators, some of which are currently being employed and evaluated in preclinical/clinical trials

Techniques d'identification d'entités nommées et de classification non-supervisée pour des requêtes de recherche web à l'aide d'informations contenues dans les pages web visitées

Le web est maintenant devenu une importante source d’information et de divertissement pour un grand nombre de personnes et les techniques pour accéder au contenu désiré ne cessent d’évoluer. Par exemple, en plus de la liste de pages web habituelle, certains moteurs de recherche présentent maintenant directement, lorsque possible, l’information recherchée par l’usager. Dans ce contexte, l’étude des requêtes soumises à ce type de moteur de recherche devient un outil pouvant aider à perfectionner ce genre de système et ainsi améliorer l’expérience d’utilisation de ses usagers. Dans cette optique, le présent document présentera certaines techniques qui ont été développées pour faire l’étude des requêtes de recherche web soumises à un moteur de recherche. En particulier, le travail présenté ici s’intéresse à deux problèmes distincts. Le premier porte sur la classification non-supervisée d’un ensemble de requêtes de recherche web dans le but de parvenir à regrouper ensemble les requêtes traitant d’un même sujet. Le deuxième problème porte quant à lui sur la détection non-supervisée des entités nommées contenues dans un ensemble de requêtes qui ont été soumises à un moteur de recherche. Les deux techniques proposées utilisent l’information supplémentaire apportée par la connaissance des pages web qui ont été visitées par les utilisateurs ayant émis les requêtes étudiées

Effect of fermented milks on humoral immune response in mice

Eight groups of 20 CD-1 mice were fed for eight days with UHT milk fermented by one of the following bacteria: Bifidobacterium Iongum, Lactobacillus acidophilus, L. delbrueckii spp. bulgaricus, L. casei spp.rhamnosus, L. helveticus, Lactococcus lactis spp. cremoris, Lactococcus lactis spp. lactis, Streptococcus salivarius spp. thermophilus. No significant differences were observed in the serum IgG and IgA level, nor in the bronchoalveolar lgG level. Only mice fed milk fermented with L. delbrueckii spp. bulgaricus showed a significant increase (P < 0.05) in their bronchoalveolar lgA level after eight days. The extent of proteolysis of the fermented milks was not correlated with the bronchoalveolar lgA level

Structural Insights into Lactococcal Siphophage p2 Baseplate Activation Mechanism

International audienceVirulent phages infecting L. lactis, an industry-relevant bacterium, pose a significant risk to the quality of the fermented milk products. Phages of the Skunavirus genus are by far the most isolated lactococcal phages in the cheese environments and phage p2 is the model siphophage for this viral genus. The baseplate of phage p2, which is used to recognize its host, was previously shown to display two conformations by X-ray crystallography, a rested state and an activated state ready to bind to the host. The baseplate became only activated and opened in the presence of Ca 2+. However, such an activated state was not previously observed in the virion. Here, using nanobodies binding to the baseplate, we report on the negative staining electron microscopy structure of the activated form of the baseplate directly observed in the p2 virion, that is compatible with the activated baseplate crystal structure. Analyses of this new structure also established the presence of a second distal tail (Dit) hexamer as a component of the baseplate, the topology of which differs largely from the first one. We also observed an uncoupling between the baseplate activation and the tail tip protein (Tal) opening, suggesting an infection mechanism more complex than previously expected